Каким образом при процессе реабилитации осужденных во времена Сталина, принимали решение, кого реабилитировать, а кого нет?

Вы уверены что, кто-то решал или выбирал?..
При Ельцине реабелитировали целыми статьями..
Например - реабелитировать статью 58-10 антигосударственная агитация, а это десятки тысяч арестованных..
Там не было истинных врагов?..

ну вот, например Л. Ландау был репрессирован в 1938 году по обвинению в антисоветской агитации и создании антисоветской организации (по 58-й статье). Лишь вмешательство академика П. Капицы и датского физика Н. Бора, которые взяли его на поруки, позволило спасти Ландау от лагерей. Он был освобождён в 1939 году.

где пример хоть одного реабилитированного при Сталине ?
не было такого явления

в том то и весь фокус, что никак! и если осуждали персонально каким- никаким судом, то реабилитировали всех скопом постатейно!