Если входить в гугхром через мейл агент, то Chrome автоматически восстанавливает настройки по умолчанию, и пропадают все расширения. С фаерфоксом такого не происходит. Как быть с хромом?

В Хроме с некоторых пор встроена функция сброса настроек при их изменении сторонним ПО.
А программы от Майла фсегда славились своим нездоровым желанием поменять в браузере поисковую систему и еще кое-какие мелочи.
(раньше за это отвечал процесс GuardMailRu, как сейчас - не интересовался).
Вот оне и воюют...
Либо выставите настройки на Майловские, чтобы не менялись. либо ищите как в Хроме этот сброс отключить. если возможно.

хром портативный?

я запускаю Хром,включаю расширение,которое нужно на тот момент
после отключаю расширение,закрываю Хром
Агент,конечно,удобная вещь

Мэйл агент это вирус, или вы его усыновили?