Есть ли разница и если есть то какая между крутить крутилку громкости на колонках или добавлять громкость мышкой в компе?

на колонках ты добавляешь громкость аппаратно а в компе - програмно-аппаратно. Поскольку уровень сигнала на выходе материнской (или звуковой платы) нормирован и достаточно высок (около0,7v), то особой разницы нет, но, если уровень самого сигнала на выходе низкий (тихий звук), а кабель, соединяющий выход с колонками достаточно длинен, тогда уровень помех наводимых на кабель будет соизмерим с уровнем сигнала и это не есть хорошо, потому лучше подавать на усилитель (колонки) сигнал уже усиленный (нормированный) т.е в настройках звука компа лучше выставить движки звука повыше, а громкость регулировать уже на усилителе колонок, если у тебя усилитель с несколькими входами, лучше звук подавать на тот вход, который менее чувствительный, он меньше усилит наводки, разумеется, нужно учитывать, чтобы его чувствительности хватало для усиления сигнала....

Это два отдельных регулятора громкости. То есть если ты на колонках звук убавишь, то как ни крути на компе, он не появится