На VLC есть функция - Инструменты - Настройки - Видео - галка "Ускоренный вывод видео". Вот ее надо снять, мне помогло. Правда, видео воспроизводиться стало только в VLC, но с убунтой и этого хватает.
Поставь пропиетарный драйвер. Вообще были даже "фиолетовые" морды на ютубе...
Но вот ROSA Desktop Fresh R2 - http://www.rosalab.ru/products/desktop_fresh - сегодня же смотрел с Live CD на youtube видосы - идеально всё показывала! Да и плеер тот, который в ней (Rosa плеер) весьма не плохой. Да, кстати, там все кодеки в этом дистребе, хватает любые файлы.
В общем, прожги на болванку, на досуге, потести. Может более понравится.