Кто на самом деле является прототипом профессора Преображенского.

Есть предположения, что его прототипом является сам вождь мирового пролетариата Ленин. Я читал такое предположение у нескольких авторов у которых и почерпнул нижеизложенную информацию.
Если допустить, что пес Шарик символизирует типичного представителя пролетариата, то «высшим существом», соответственно, обязан быть вождь пролетариата, которому «нет равных в Европе». Так как вождей подобного масштаба были единицы, то указанные в тексте подсказки указывают на Ленина. Например, фрагмент, когда Борменталь «жег в камине собственноручно тетрадь в синей обложке из той пачки, в которой записывались истории болезни», ассоциируется со знаменитыми ленинскими «Философскими тетрадями», где в известную синюю тетрадь записывались философские «болезни» человечества. Примечательна и шея Преображенского: «Здесь Преображенский похлопал себя по крутой и склонной к параличу шее». Общеизвестна только одна шея, «склонная к параличу», — ленинская, так как ранение в шею стало причиной развития паралича. Однако Булгаков не ставил целью разжевать читателю прообраз Преображенского, хотя Ленин в этом образе угадывается намного проще, чем, скажем, И.П. Павлов и тем более В.М. Бехтерев. Если допустить, что под «операцией» Булгаков подразумевал революцию, то получим, что в образе «бездомного пса» выведен типичный представитель пролетариата в предреволюционный период, а Полиграф Шариков — тот же самый пролетарий, только после революции. Полиграф Шариков это единственный положительный герой повести, истинное имя которого Русский народ. В эпизоде где за первыми шагами Шарикова после операции (революции) наблюдает Преображенский на самом деле подразумевается Ленин. И в образе совы, которая за всеми внимательно наблюдает, автором подразумевается сам Ленин. В сущности, громадная сова, сидящая на суку, это образ души Преображенского, которая, судя по размерам, громадной нечестивости. Шариков правильно говорит: «А сова эта дрянь… Наглая». Сова, в данном случае, символизировала заблудшую во тьме, проданную дьяволу грешную душу. Главное, все-таки, заключается в другом: в повести Булгаков со всей тщательностью опытного врача ставит Преображенскому развернутый диагноз тяжкой болезни. Но, простым цитированием текста невозможно объяснить, что «Собачье сердце» это, по мнению Булгакова, медицинское заключение не только Преображенскому, а и всему обществу, диагноз болезни которого тот же: тяжкое психическое расстройство, вызванное внедрением в мозги общества идеологической бациллы Преображенского. А так как под Преображенским подразумевался Ленин, то, вероятно, это и стало причиной того, что повесть, написанная в 1925 г опубликована только через 60 лет.