Почему святая инквизиция не смогла уничтожить науку? Или ещё не всё потеряно?

Я предполагаю, потому что эволюционное развитие на всех уровнях - это что-то вроде фундаментального закона природы, в отличие от "святой" инквизиции. И как ни затыкай дырки, всё равно кто-нибудь в телескоп будет втихаря смотреть, изучать строение человека, а потом кто-нибудь напишет работу по этому поводу, кто-нибудь прочитает, кто-нибудь догадается, что знания дают преимущество и помогают жить лучше и так постепенно накапливается критическая масса и идеи, которые казались раньше кощунственными становятся обычными. Как пел БГ: если дерево растёт, то оно растёт вверх, и никто не волен это менять.

Потому что наука работала на инквизицию

Наука была спасена потому, что святая инквизиция прекратила свое существование. В 1835 папа Григорий XVI официально отменил все инквизиционные трибуналы,

Вы жертва атеистической пропаганды, ибо науку продвигали в основном христиане.
И у инквизиции не было цели против науки.

У инквизиции были несколько иные цели и задачи.