Кафедральный Собор Св. Иоанна выполнен в стиле барокко предположительно в 1573-1578 годах. Проектом занимался военный архитектор Джероламо Кассара. Освящен храм был в честь Святого Иоанна. Это место стало главным местом для собраний рыцарей иоаннитов. Как бы странно это не звучало, но их тут же и хоронили, накрывая красивыми расписными плитами из мрамора. Именно этот пол делает собор в Валлетте уникальной и одной из самых главных мальтийских достопримечательностей.
Строительство было начато по заказу великого магистра ордена Жан де ла Кассьера в 1572 году. Фасад здания имеет довольно строгий фасад, который совершенно не соответствует впечатляющему интерьеру. Особенно впечатляет череда могильных плит из мрамора, которые вмонтированы в пол, под которыми захоронено более 380 рыцарей-покойников.
В Кафедральный Собор Св. Иоанна из Церкви Девы Марии Победительницы перенесли прах Великого рыцаря, Магистра Жана де Валлетта, который и был основателем Мальтийского города. Вместе с ним здесь похоронены и остальные Великие магистры, кроме немца Фердинанда фон Гомпеша. Он, став последним магистрам, сдал в 1800 году Мальту французам.
Внутренний двор собора в Валлетте содержит еще 256 могил рыцарей, которые пали при Великой Осаде.
Оформление же храма осуществлял итальянский рыцарь-художник Маттиа Прети. По его замыслу собор украшен замысловатой каменной резьбой, сводчатым потолком и боковыми алтарями. Все эти композиции повествуют жизнь Иоанна Крестителя. Матиа Прети создал в Кафедральном Соборе Св. Иоанна несколько фресок и картин.
В соборе в Валлетте есть восемь потрясающих, богато украшенных часовен, каждая из которых посвящена восьми святым, которые были покровителями ордена мальтийских рыцарей. Каждая часовня соответствует различным регионам в Европе, с которыми была связана их деятельность.
В соборе также хранится икона Карафской Божией Матери. В музее кафедрального собора имеется прекрасная коллекция гобеленов, уникальная коллекция художественных произведений. В часовне храма выставлена знаменитая картина, принадлежавшая кисти знаменитого художника Караваджо "Усекновение головы Иоанна Предтечи", написанная еще в 1608 году. Это не единственное полотно этого мастера в Соборе.
Ежегодно 24 июня в Кафедральном Соборе Св. Иоанна на службе присутствуют ныне живущие настоящие мальтийские рыцари.
У главного входа храма стоит памятник, посвященный великому магистру из Сиены Маркантонио Дзондадари (племянник папы римского Александра VII).