Как думаете, может ли владелец сайта закрыть отдельному юзеру доступ к сайту - настолько, что сайт станет абсолютно недоступным для этого юзера даже в режиме чтения, и (о, ужас!) даже с перехода по ссылке из поискового запроса?

Запросто. Например в связке бана по данным, передаваемым в http заголовках + бан по ИП. Или бан по ИД системы... Каждый хороший сайт знает о пользователе достаточно много, типа откуда он пришёл, какой браузер используется, какие плагины стоят, разрешение экрана, глубина цветопередачи и т.д., так что забанить кого-то конкретного, даже не в ущерб остальным, сидящим в диапазоне одного динамического ИП с нарушителем и которые могут получить его адрес в будущем, дело техники.

ТОР какбЭ намекает(вершина айсберга)