Мечеть построена на месте мусульманского храма, разрушенного во время осады Казанского ханства Иваном Грозным в середине 16 века. Перед возведением сооружения спустя почти 450 лет у архитекторов даже не возникало вопроса, какое дать ей название. Мечеть названа в честь имама Кул-Шариф, который вместе с учениками возрастом от 9 до 15 лет держал оборону Кремля и легендарного мусульманского храма до последних сил.
Казанским архитекторам Ш. Латыпову, И. Сайфуллину, А. Саттарову, М. Сафронову удалось собрать воедино культурные символы эпохи мирового татарского наследия и казанских земель.